胡黄连和黄连虽名称相似，但在来源、性状、功效等方面存在明显区别。 来源方面，黄连为毛茛科植物黄连、三角叶黄连或云连的干燥根茎，主要分布于四川、贵州、湖北等地。而胡黄连是玄参科植物胡黄连的干燥根茎，多生长于西藏、云南、四川等地。 性状上，黄连根茎呈簇状分枝，形如鸡爪，表面灰黄色或黄褐色，粗糙，有不规则结节状隆起、须根及须根残基，有的节间表面平滑如茎杆，习称“过桥”。质硬，断面不整齐，皮部橙红色或暗棕色，木部鲜黄色或橙黄色，呈放射状排列，髓部有的中空。胡黄连根茎呈圆柱形，表面灰棕色至暗棕色，有较密的环状节，具稍隆起的芽痕或根痕，上端密被暗棕色鳞片状的叶柄残基。体轻，质硬而脆，易折断，断面略平坦，淡棕色至暗棕色，中间有黄白色的髓，有时中空。 功效上，二者都有清热燥湿、泻火解毒的作用。但黄连清热燥湿、泻火解毒之力较强，尤善清中焦湿热、泻心经实火，常用于湿热痞满、呕吐吞酸、泻痢、黄疸、高热神昏、心火亢盛、心烦不寐等症。胡黄连则长于退虚热、除疳热，多用于阴虚骨蒸潮热、小儿疳积发热等。