一般来说，会厌囊肿的病因分先天性和后天性。1.先天性：会厌先天性发育畸形，黏膜下形成小囊。出生后，随着发育，小囊也逐渐扩大。里面充满黏液，逐渐形成囊肿，即为先天性会厌囊肿。2.后天性：喉慢性炎症、机械刺激和创伤，引起会厌黏膜内的黏液腺出现腺管阻塞，腺体内分泌物堆积，而形成后天性会厌囊肿。常见的有潴留囊肿和表皮样囊肿。潴留囊肿多见于会厌舌面，表皮样囊肿多见于会厌谷中。

会厌囊肿是生活中的一种疾病，会厌囊肿出现会对患者造成的影响很大，它能妨碍人们的吞咽，影响人们的会吸，1.感染，为此病常见的病因。常见的细菌是流感嗜血杆菌，且重症患者此菌的检出率较高。另有葡萄球菌、链球菌、肺炎双球菌、奈瑟卡他球菌、类白喉杆菌等，亦可与病毒混合感染。2.变态反应，全身性变态反应亦可引起会厌、杓会厌襞的高度水肿，并可发生继发性感染。3. 外伤，异物外伤，刺激性有害气体，刺激性饮料和食物，放射线损伤等都可引起会厌粘膜的炎性病变。会厌囊肿发生后，常在喉部检查时发现，少数大囊肿可有喉不适感，刺激性咳嗽，先天性会厌大囊肿可引起新生儿或婴儿喉阻塞症状，有报道成人巨大囊肿也可引起气道梗阻。间接喉镜或置于悬雍垂处的硬喉内镜检查可发现，囊肿呈半球型，蒂部广，表面光滑，显灰白、浅黄或淡红色。