孩子患手足口脑炎后睡觉手脚惊跳，可能与病毒对神经系统的损害、炎症反应、电解质紊乱、神经兴奋性增高、心理因素等有关。这种情况需引起重视，建议及时就医。若身体出现异常症状，请立刻就诊，根据医生的嘱咐进行治疗，切勿自行用药。
1.神经系统损害：手足口病病毒侵犯脑部神经，影响神经功能，导致神经传导异常，引起手脚惊跳。
2.炎症反应：脑炎导致的脑部炎症，使神经处于敏感状态，容易出现异常放电，引发惊跳。
3.电解质紊乱：患病期间可能出现钾、钙等电解质失衡，影响肌肉和神经的正常功能。
4.神经兴奋性增高：脑炎可能导致神经兴奋性增高，使肌肉容易出现不自主收缩。
5.心理因素：孩子患病后可能会感到紧张、恐惧，心理状态的改变也可能表现为身体的异常反应。
总之，孩子手足口脑炎后睡觉手脚惊跳的原因较为复杂。家长应带孩子到正规医院的儿科或神经内科就诊，医生会根据具体情况进行相关检查，如脑电图、电解质检测等，以明确原因，并给予相应的治疗。治疗可能包括营养神经、调节电解质平衡等，常用药物有甲钴胺、维生素B1等，但需遵医嘱使用。

不考虑为脑部的实质性伤害，可能与脑炎的恢复有关。等孩子年龄大一点的时候可以自行恢复正常，不需要做检查。