许多甲沟炎患者都反映说自己的甲沟炎治了很久也不能治好，哪怕他们有为此而动过手术也不得法，往往是治好了一段时间后又再复发了。有许多本来还只是肿痛，治完后反而还出脓了。因此痛苦不已。

甲沟炎难以根治主要是因为甲沟炎已经由急性病发为慢性，有一些患者在一开始时不注意去治疗，会使得甲沟炎不断加剧到难以治疗。一般而言：急性甲沟炎多由葡萄球菌感染所致。当机体防御功能降低，甲周皮肤完整性被破坏，或致病菌数量、毒力过大时，才会引起感染。慢性甲沟炎多，甲沟炎由于经常受到潮湿、浸渍而造成绿脓杆菌、真菌及普通变形杆菌等的感染。如果趾甲反复发炎，容易引起甲下脓肿，严重的有可能引起骨髓炎。那样治疗起来的难度会更加大。

甲沟炎难治往往还与治疗方法有关，许多患者如果一得病就只是自行用药或者就是去些小诊所就医，小诊所一般而言因为设施的原因就只是进行些小手术，而整个手术来说只是用些药物进行消毒，而其实因为甲沟太窄往往不容易消毒，药效无法完全达到病发处。其实甲沟炎的手术成功关键在与于彻底去除两侧的甲床，只要有一点残留的甲床组织，那多余的造成局部损伤的指甲就会重生。因此甲沟炎总是复发的问题根源是在于手术不彻底，所以的结果就是屡治屡不好。