早期自然流产时，染色体异常的胚胎占50%～60%，多为染色体数目异常，其次为染色体结构异常。因此自然流产的发生最为多见的是与遗传因素有关。多次流产的人，子宫环境非常糟糕，非常不适合胎儿生长，所以，即使形成胎儿，也会因为子宫环境不适而导致流产。 环境也是导致自然流产的一大因素。影响生殖功能的外界不良因素很多，可以直接或间接对胚胎或胎儿造成损害。过多接触某些有害的化学物质，如砷、铅、苯、甲醛、氯丁二烯、氧化乙烯等，和物理因素如放射线、噪音及高温等，均可引起流产。母体因素和不良生活习惯也是会导致自然流产的。孕妇患有严重心脏疾病、高血压、生殖系统疾病（黄体功能不全，子宫畸形）、自身免疫系统疾病，都有可能引起胚胎停育，导致流产。熬夜、吸烟、酗酒、不良饮食习惯（比如食用某些导致流产的食物），都有可能导致正常的胎儿流产。另外，准爸爸的不良生活习惯会导致精子质量差，引发流产。 有习惯性流产史的妇女，应在怀孕前进行必要检查，包括卵巢功能检查、夫妇双方染色体检查与血型鉴定及其丈夫的精液检查，女方尚需进行生殖道的详细检查，以确定子宫有无畸形与病变，并检查有无宫颈口松弛等。查出原因，若能纠正，应于怀孕前治疗。