人体感染梨形鞭毛虫病后，潜伏期平均为1～2周，最长者45天。相当一部分不出现任何临床症状，成为带虫者，出现的症状轻重之分，其临床表现以腹痛、腹泻、厌食多见，典型患者表现为以腹泻为主的吸收不良综合征，可有爆发性水泻，恶臭、无脓血，含大量脂肪颗粒。一般急性期历时3～4天。儿童久病不愈可致营养不良、贫血、发育障碍等。如寄生在胆道系统，可出现胆囊炎或胆管炎。若不及时治疗，多发展为慢性，表现为周期性稀便，反复发作，大便甚臭，以致吸收障碍，明显消瘦，病程可长达数年。慢性感染的儿童每有体重减轻，发育滞缓，患者常有乳糖、木糖、维生素A和维生素B12以及脂肪吸收异常。1.全身性症状(1)神经症状如失眠、头痛、乏力、眩晕、眼发黑、出汗、神经兴奋性增强、肌腱反射亢进等较为常见。(2)甲状腺机能失调曾有人发现部分(15.5%)肠梨形鞭毛虫病患者的甲状腺机能有改变，其中以甲状腺机能亢进占大多数，基础代谢增高16%～20%，部分患者可增高30%，因而也会产生甲状腺机能亢进的症状。2.胆道系统症状肠梨形鞭毛虫病在胆道系统寄生，可以引起胆囊炎及胆管炎。主要症状为上腹部疼痛、食欲不振、消化不良、恶心、嗳气、胃部烧灼感、肝脾肿大、有压痛，进食油腻时加重，有时可出现黄疸。3.胃肠道症状(1)十二指肠炎型有似十二指肠溃疡样疼痛，伴有纳差、低血压等。X线检查多显示球部变形，甚至有溃疡征。抗虫治疗后可以消除上述症状。(2)急性或慢性阑尾炎型症状与一般阑尾炎相似。切除的阑尾，呈炎性病变，黏膜有时可见溃疡，绒毛间可发现大量滋养体。(3)结肠炎型主要症状有腹部钝痛，阵阵加剧，伴恶心、呕吐、腹泻，常被误诊为痢疾。(4)直肠乙状结肠炎型与一般直肠乙状结肠炎同。用乙状结肠镜检查，可见弥漫性充血、水肿、严重者有圆形溃疡，溃疡表面覆有渗出性假膜。