当前对于乙肝的治疗，较理想的结果是病毒复制转阴，肝功恢复正常，不导致对肝细胞的进一步伤害且降低传染性，没有药物或医学办法可达到乙肝表面抗原转阴，感染后痊愈的病人主要是靠自身免疫力自愈的。

乙肝病毒感染一般可分为一过性感染和慢性持续性感染。如果是较大儿童(7岁以上）或成年人感染了乙肝病毒，不管是无症状但能产生特异性免疫应答的隐性感染，还是有症状的显性感染（表现为急性肝炎），其中绝大部分感染者为一过性感染，他们体内的乙肝病毒最终将会被彻底清除，只有极少数感染者成为慢性乙肝病人或慢性乙肝病毒携带者。由于急性感染多呈自限性经过，所以其治疗并不复杂。急性肝炎的治疗包括合理的休息、适当的营养和必要的药物，以休息和营养为主，用药种类不宜太多，以免加重肝脏负担，一般也不用干扰素等抗病毒药物。至于隐性感染，多数难以发现，往往不知不觉之中病毒已经清除了，并且获得了特异性免疫力。不管隐性感染还是显性感染，机体在清除病毒过程中产生的特异性免疫力都对机体有保护作用，能够抵御乙肝病毒对机体的再次侵袭。不管是慢性乙肝病毒携带者还是慢性乙肝病人，体内病毒自然阴转的可能性都很小，即使再加上药物、免疫压力等因素的作用，其E抗原阴转的几率也不过在10%-30%之间（有些报道略高些），表面抗原阴转的可能性更小，低于10%，核心抗体几乎不阴转。即使出现了E抗原阴转，还要区分是自然阴转还是变异阴转（这种区分非常困难），因为E抗原的变异阴转并非好事，这种变异可使乙肝病毒逃避免疫监视，从而影响肝炎的预后。当然，自然阴转比较理想，可使宿主传染性降低或消失，病情趋于稳定。但总的说来，慢性持续性感染、主要是慢性乙型肝炎的治疗是迄今未解决的难题，过去有一些报道可能要比实际疗效高许多。正如一位肝病专家所言，如果把这些年来人们声称已经治好的肝炎病人数加起来，可能早已超过了我国肝炎病人的总数。至于慢性乙肝病毒携带者，不论采用什么方法，其清除率更低。面对这种情况，在治疗乙肝病毒持续性感染时，应从抗病毒、机体免疫调节等多方面采取措施。在这些措施中，关键是抗病毒治疗。目前抗病毒治疗的有效药物是干扰素、核苷类似物（如拉米夫丁），至今还没有其它药物的疗效能与之相比。但当前抗病毒治疗的终点并非彻底清除病毒、使乙肝病毒的各项血清标志物转阴，而是持续抑制病毒复制，使肝脏炎症缓解，阻止肝纤维化进程，并使宿主传染性降低。因为即使是疗效较好、价格昂贵的干扰素、拉米夫定，也达不到使大部分感染者完全清除病毒的目的。目前国内外关于乙肝的疗效标准，均无乙肝病毒阴转这一项。由此可知，对于乙肝病毒的慢性持续性感染而言，病毒的彻底清除殊非易事；而病毒得不到彻底清除，所谓“根治”也就无从谈起。综上所述，由于乙肝病毒感染的类型不同，其预后也不同。对乙型肝炎我们提倡科学的规范化治疗，目前医学界已经积累了丰富的治疗经验，一般都能达到较理想的疗效（绝大部分可以达到临床治愈）。但我们也必须正视治疗中的困难，对于医生来说，不可不分具体情况轻言“根治”，而乙肝患者也不要轻信“根治”的神话。