不洁性生活后进行支原体和衣原体检查，棉签插入阴茎后出现疼痛，可能是尿道损伤，也可能有其他原因，如检查操作刺激、尿道炎、前列腺炎、尿道结石等。 1. 尿道损伤：棉签插入可能导致尿道黏膜轻微擦伤，引起疼痛。 2. 检查操作刺激：检查过程中对尿道产生的机械性刺激，可引起短暂疼痛。 3. 尿道炎：不洁性生活可能引发尿道炎，炎症刺激导致疼痛。 4. 前列腺炎：长期的不良生活习惯或感染可能诱发前列腺炎，出现疼痛症状。 5. 尿道结石：结石刺激尿道黏膜，也会造成疼痛。 总之，出现这种情况需要综合判断。如果疼痛持续不缓解或伴有其他症状，如尿频、尿急、尿痛等，应及时就医，进行进一步检查，如尿常规、泌尿系统超声等，以明确原因，并采取相应的治疗措施。治疗期间应注意休息，多喝水，避免辛辣刺激性食物，保持尿道口清洁。

你好，如果是检查支原体和衣原体的情况就是用棉拭子插入尿道取样化验的，一般不会造成尿道的损伤，而且就是损伤也是很轻微的，不会出现半夜被疼醒的情况。你的情况应该是考虑本身就有尿道炎，再加上取样时有轻微的损伤引起的，可以适当的口服阿莫西林，三金片，氧氟沙星等治疗，多喝水不要吃辛辣刺激性食物并进行观察。希望我的回答对你有所帮助。