诊断耶氏肺孢子菌肺炎需综合多方面因素，包括症状表现、影像学检查、实验室检查等。身体感到不适时，务必及时就诊，听从医生的建议进行诊治，不要自己擅自用药。
1.症状：患者常有发热、干咳、呼吸困难等症状。
2.影像学表现：在HIV阳性和HIV阴性患者中，常见弥漫性实质性肺疾病表现，如毛玻璃影或结节影，且非按肺解剖区域分布。HIV阳性患者还可能有肺叶浸润影、气胸、肺不张、结节影甚至胸腔积液。
3.实验室检查：常用的有病原学检查，如痰液、支气管肺泡灌洗液等标本的染色镜检、PCR检测等。
4.免疫功能检测：了解患者的免疫状态，如CD4+T淋巴细胞计数等。
5.其他检查：肺功能检查可能显示限制性通气功能障碍。
综合上述多种检查结果，结合患者的临床表现和病史，可对耶氏肺孢子菌肺炎做出准确诊断。

对高危人群结合临床表现和X线检查可考虑诊断，病原学检查可以确诊，痰找病原体阳性率极低，可用3%高渗盐水雾化后诱导咳痰。支气管肺泡灌洗(BAL)和经纤维支气管镜肺活检阳性率可达80%~100%。BAL可以与解剖检查同期发现肺孢子菌，可用于早期诊断。近年主张以胸腔镜活检取代剖胸活检。