早晨醒来深呼吸时肾痛，检查出前列腺囊肿，这种情况两者可能有关，也可能无关。引起肾痛的原因较多，如泌尿系统疾病、腰部肌肉劳损、肾脏本身疾病等。前列腺囊肿一般较少直接导致肾痛，但如果合并感染或影响了泌尿系统功能，也可能间接引起相关症状。 1. 泌尿系统疾病：如肾结石、输尿管结石等，结石刺激尿路可引起肾痛，常伴有血尿、尿频、尿急等症状。治疗上根据结石大小和位置，可选择药物排石（如肾石通颗粒、排石颗粒、金钱草颗粒）、体外冲击波碎石或手术取石。 2. 腰部肌肉劳损：长期久坐、弯腰劳作等可导致腰部肌肉劳损，深呼吸时牵扯肌肉可能引起疼痛。需注意休息，避免劳累，可通过按摩、热敷缓解。 3. 肾脏本身疾病：如肾盂肾炎，除肾痛外，还会有发热、寒战、腰痛等表现。治疗通常使用抗生素（如左氧氟沙星、头孢呋辛酯、阿莫西林）。 4. 前列腺囊肿：较小的囊肿一般无明显症状。较大的囊肿或合并感染时，可能出现尿频、尿急、尿痛等，也可能影响排尿，间接引起肾区不适。治疗方法包括观察等待、药物治疗（如前列舒通胶囊、盐酸坦索罗辛缓释胶囊、非那雄胺片）和手术治疗。 5. 其他原因：腰椎间盘突出症压迫神经时，也可能出现类似疼痛。治疗包括卧床休息、牵引、理疗等。 总之，出现早晨醒来深呼吸肾痛的情况，需要综合考虑多种因素。建议进一步完善相关检查，明确病因，并在医生的指导下进行治疗。