毒副反应分近期毒性和远期毒性:
近期毒性反应又分为局部反应（如局部组织坏死、栓塞性静脉炎等）和全身性反应（包括消化道、造血系统、心脏反应、肺毒性反应、肾功能障碍及其它反应等）。
远期毒性反应主要是生殖功能障碍及致癌作用、致畸作用等。
此外，化疗由于其毒副作用，有时还可出现并发症，常见的有感染、出血、穿孔、尿酸结晶等。

常见的毒副作用如下：
1、局部反应：静脉炎、局部组织坏死。
2、骨髓抑制：大多数化疗药均有不同程度的骨髓抑抑制。骨髓抑制早期可表现为白细胞尤其是粒细胞减少，严重时血小板、红细胞、血红蛋白均可降低，同时患者还可有疲乏无力、抵抗力下降、易感染、发热、出血等表现。
3、胃肠毒性：大多数化疗药物可引起胃肠道反应，表现为口干、食欲不振、恶心、呕吐，有时可出现口腔粘膜炎或溃疡。便秘、麻痹性肠梗阻、腹泻、胃肠出血及腹痛也可见到。
4、免疫抑制：化疗药物一般多是免疫抑制药，对机体的免疫功能有不同程度的抑制作用。当免疫功能低下时，肿瘤不易被控制，反而加快复发或转移进程。
5、肾毒性：部分化疗药物可引起肾脏损伤，主要表现为肾小管上皮细胞急性坏死、变性、间质水肿、肾小管扩张，严重时出现肾衰。患者可出现腰痛、血尿、水肿、小便化验异常等。

6、肝损伤：化疗药物引起的肝脏反应可以是急性而短暂的肝损害，包括坏死、炎症，也可以由于长期用药，引起肝慢性损伤，如纤维化、脂肪变性、肉芽肿形成、嗜酸粒细胞浸润等。临床可表现为肝功能异常、肝区疼痛、肝肿大、黄疸等。
7、心脏毒性：临床可表现为心律失常、心力衰竭、心肌病综合症（病人表现为无力、活动性呼吸困难，发作性夜间呼吸困难，心衰时可有脉快、呼吸快、肝大、心脏扩大、肺水肿、浮肿和胸水等），心电图出现异常。
8、肺毒性：少数化疗可出现肺毒性，表现为肺间质炎症和肺纤维化。临床可表现为发热、干咳、气急，多数病人急性起病，伴有粒细胞增多。
9、神经毒性：部分化疗药可引起周围神经炎，表现为指（趾）麻木、腱反射消失，感觉异常，有时还可发生便秘或麻痹性肠梗阻。有些药物可产生中枢神经毒性，主要表现为感觉异常、振动感减弱、肢体麻木、刺痛、步态失调、共济失调、嗜睡、精神异常等。
10、脱发：有些化疗药损伤毛囊，脱发的程度通常与药物的浓度和剂量有关。
11、其它：如听力减退、皮疹、面部或皮肤潮红、指甲变形、骨质疏松、膀胱及尿道刺激症、不育症、闭经、性功能障碍、男性乳腺增大等也可由部分化疗药引起。