临床表现：临床症状的主要表现依次为水泻、腹痛、食欲减退、疲劳、恶心、发热、肌肉关节痛。有的病人呕吐严重而无腹泻，在胃液与呕吐物中都可检到隐孢子虫。有的病人以咳嗽为主，腹泻较轻，或有肺部感染合并呼吸窘迫，随腹泻好转呼吸道症状消失。病人的免疫功能决定其临床表现的轻重迥异。(一)免疫功能正常者隐孢子虫病潜伏期较短，一般3～8d，偶可长达数周。多见于儿童，有自限性。腹泻呈水样便或黏液样便，无脓血，或有恶臭，每日10次以下，持续数天即自愈，常有恶心、呕吐，上腹部隐痛或低热。症状轻重与粪便中卵囊数量有关，出现症状后粪便中排出卵囊持续时间为7d，约半数病人可达14d，本型多见于儿童，亦可发生于青年等成人。血象大多正常。婴幼儿感染的严重病例，因腹泻较重常导致水和电解质紊乱。偶见有反应性关节炎。(二)免疫功能缺陷者隐孢子虫病潜伏期难定。多发生于艾滋病、低丙球蛋白血症和接受免疫抑制剂的人群，症状多而重，持续时间长。主要症状为霍乱样水泻，次频量多，腹泻每日达数十次，量可多达10L，伴水电解质紊乱及体重下降。病程可达数年。除腹泻外，还可引起咽喉炎、气管炎、肺炎。艾滋病患者感染隐孢子虫后，有10%病人表现为急性胆囊炎或硬化性胆管炎。