巨细胞病毒感染症的预后受多种因素影响，包括患者的年龄、免疫状态、感染的严重程度、治疗的及时性以及是否存在并发症等。 1.年龄：新生儿和免疫功能低下的人群，如艾滋病患者、接受器官移植者，预后相对较差。 2.免疫状态：免疫功能正常的个体通常症状较轻，预后较好；而免疫缺陷者病情可能较重，恢复较慢。 3.感染严重程度：轻症感染经过适当治疗，预后良好；重症感染可能导致器官功能损害，影响预后。 4.治疗及时性：早期诊断并及时接受抗病毒治疗，有助于改善预后。 5.并发症：若出现脑炎、肺炎、肝炎等并发症，会增加治疗难度，影响预后。 总体来说，巨细胞病毒感染症的预后因人而异。大多数免疫功能正常者预后较好，但免疫功能低下者需要密切关注，积极治疗，以争取良好的预后。

先天性巨细胞包涵体病患儿，可出现各种先天畸形，可有痉挛状态、两侧瘫痪、癫痫样抽搐、视神经萎缩、耳聋（少数患儿发生耳聋），并可对细菌感染的敏感性增加。有的无症状先天性CMV感染的患儿，虽体格发育正常，仍可有先天畸形及听力损害，但其发生率和严重程度均低于有症状的患儿。不显性CMV感染的激活常发生于各种因素使机体免疫力降低的情况下，可使潜在的病毒感染被激活而发病。这些因素包括妊娠、器官移植，应用免、疫抑制剂或抗代谢药物、外科手术、巨血病、肿瘤等，可出现肺炎、肝炎视网膜炎。间质性肺炎是骨髓移植受者CMV感染最严重的后果，其发生率达40%，病死率达90%。AIDS患儿具有较高的CMV感染率，其特点是迁延的病毒血症，病情呈进行性发展常为最常见的死因。