婴儿痉挛症的病因包括隐源性和症状性两类。隐源性婴儿痉挛症以目前的医学水平找不到明确的病因，有些可能与遗传因素有关。症状性婴儿痉挛症可由多种因素引起，主要有：①围产期因素，如缺氧缺血性脑病、新生儿颅内出血、低出生体重、低血糖、低血钙等；②神经皮肤综合征，其中结节性硬化是婴儿痉挛症最常见的病因之一，有报道10％～20％的婴儿痉挛症由结节性硬化所致，其他如神经纤维瘤病、色素失调症、线状皮脂腺综合征等偶可引起婴儿痉挛症；③先天性遗传代谢病或变性病，包括氨基酸代谢异常(苯丙酮尿症、枫糖尿病等)、氨代谢异常、非酮症高甘氨酸血症、吡哆醇依赖症、神经鞘脂沉积症(Tay-Sachs病等)、线粒体脑肌病、神经元蜡样质脂褐质沉积病等；④中枢神经系统感染，包括宫内感染(巨细胞包涵体病毒感染等)、脑膜脑炎等；⑤脑发育畸形，如胼胝体发育不全、Aicardi综合征、前脑无裂畸形、积水性无脑、元脑回畸形等；⑥血管性疾病，如脑梗死、脑穿通畸形等。