新生儿肺炎治疗期间反复发热，可能由感染未完全控制、药物热、环境因素、合并其他感染、免疫反应等原因引起。 1. 感染未完全控制：新生儿免疫力弱，肺炎病原体可能未被完全清除，残留病原体持续刺激机体导致发热。 2. 药物热：某些药物可能引起机体的发热反应，如抗生素等。 3. 环境因素：病房温度过高或过低，衣物穿着不合适，影响体温调节。 4. 合并其他感染：可能同时存在其他部位的感染，如泌尿系统感染等。 5. 免疫反应：自身免疫系统在对抗病原体时产生的反应，也可能导致发热。 总之，新生儿肺炎治疗期间出现反复发热，需要医生综合判断，调整治疗方案。家长要积极配合医生，做好护理工作，密切观察孩子的病情变化。

肺炎的治疗原则是应用消炎药物，杀灭病原菌。根据不同的病原菌选用敏感的药物，早期治疗足疗程，同时还应对症治疗如发热时给予服用退热剂，咳嗽应给予化痰止咳药物，中重症肺炎应及时到医院进行住院治疗。

根据孩子的症状分析应该考虑为由于上呼吸道感染导致的肺炎引起的发烧，如果频发肺部感染应该到医院检查，除外先心病的可能。建议应该注意局部卫生，对症治疗，消炎治疗。必要时做心脏超声检查。明确诊断根据病因进行治疗。