小脑下垂脑疝骨髓空洞症手术后自主呼吸的恢复时间受多种因素影响，包括患者的术前身体状况、手术的复杂程度、术后并发症、术后护理以及个体的恢复能力等。 1. 术前身体状况：如果患者术前身体基础较好，心肺功能正常，没有其他严重的基础疾病，那么术后自主呼吸恢复可能相对较快。 2. 手术的复杂程度：手术过程中对神经和组织的损伤程度越小，术后自主呼吸功能恢复通常越顺利。 3. 术后并发症：若出现感染、出血、脑水肿等并发症，会延长自主呼吸恢复的时间。 4. 术后护理：精心的护理，如保持呼吸道通畅、合理的营养支持等，有助于促进恢复。 5. 个体的恢复能力：不同个体的组织修复和再生能力存在差异，这也会影响自主呼吸的恢复时间。 总之，小脑下垂脑疝骨髓空洞症手术后自主呼吸的恢复时间因人而异，需要综合多种因素进行评估。医生会密切监测患者的恢复情况，并采取相应的措施促进恢复。

估计是因手术发生了继发性脑干神经损伤而导致不能自主呼吸。如真是这样，患者可就真的麻烦了。因其病理改变是术后组织继发无菌炎性水肿侵袭脑干神经所致。因不明病情，如咨询请详细说明病发原因　发病年龄，发病时间，发病准确部位，检查结果，现在的病情症状，曾做过的治疗,越细越好,这对病情分析评估才能议定治疗及治疗措施或方案，看能否帮你。