肝肾综合征的诊断需要综合多方面的因素，包括肝脏疾病表现、肾脏功能指标、既往病史、相关并发症以及鉴别诊断等。一旦身体出现不适，应立刻就医，遵从医生的指示进行治疗，不宜自行开药。
1.肝脏疾病及肝功能衰竭表现：存在肝硬化、重症肝炎等肝脏疾病，伴有黄疸加深、腹水增多、肝性脑病等肝功能衰竭症状。
2.尿量及肾功能指标异常：24 小时尿量少于 500 毫升，持续 2 天以上，同时血尿素氮（BUN）升高。
3.无肾脏病史：之前没有慢性肾病或其他肾脏疾病。
4.排除其他因素：排除毒物中毒、严重败血症、弥散性血管内凝血等可能同时损害肝肾功能的情况。
5.相关检查：如肝功能检查显示谷丙转氨酶、谷草转氨酶等升高；肾功能检查血肌酐、血尿素氮异常等。
综合以上多个方面的表现和检查结果，才能较为准确地诊断肝肾综合征。诊断过程中需要仔细鉴别，避免误诊。

根据临床表现和实验室检查，肝肾综合征的诊断一般并不困难，但需与下列疾病相鉴别：
1.肾前性氮质血症?常有诱因，如心力衰竭和各种原因引起的血浆容量降低等。由于肾血容量灌注不足，可表现为少尿、尿浓缩、比重较高，但尿素氮增高一般较轻，强心药或扩容治疗有明显疗效。肝肾综合征者多有肝病的临床表现和特点，对扩容治疗效果不显著。
2.急性肾小管坏死?正常肾小管功能表现为：对水和钠的重吸收，因此尿钠含量低和尿浓缩；尿溶菌酶的回吸收作用。正常时尿溶菌酶在近端肾小管几乎全部被重吸收，因此尿溶菌酶试验阴性。急性肾小管坏死时，尿比重低，固定于1.010～1.015，尿钠浓度高，一般为40～60mmol/L，尿溶菌酶试验阳性，尿常规检查有明显的蛋白及管型等。肝肾综合征者，少尿伴有尿比重高，而尿钠反低，有助于二者的鉴别。
3.肝病合并慢性肾炎?慢性肾炎既往有浮肿、高血压等病史，氮质血症病程长，尿常规有蛋白、管型及红细胞，尿比重高而固定，尿钠显著增高。这些特点与肝肾综合征有明显差别。
4.肝肾同时受累的疾病?有些疾病可引起肝肾两个脏器同时受损，有学者称之为假性肝肾综合征，以便与真性肝肾综合征相区别。