1.黏膜下段输尿管纵形肌纤维有缺陷 致使输尿管外移，黏膜下段输尿管缩短，从而失去抗反流的能力。
2.输尿管开口异常 也是反流的原因。运动场形、马蹄形和高尔夫球洞形的输尿管开口都容易发生反流。
3.膀胱内压升高 当下尿路梗阻(尿道狭窄和前列腺增生症的晚期)或神经源性膀胱造成膀胱内尿液潴留时，膀胱内压升高破坏了膀胱输尿管连接部的抗反流机制，产生反流。
4.先天性输尿管发育异常 输尿管旁憩室、输尿管囊肿、输尿管开口于膀胱憩室、异位输尿管开口等输尿管异常也可造成膀胱输尿管反流。

导致VUR的主要机制是膀胱输尿管连接部异常，按发生原因可分以下两类：
　　1.原发性反流　　最常见，为先天性膀胱输尿管瓣膜机制不全，包括先天性膀胱黏膜下输尿管过短或水平位、输尿管开口异常、膀胱三角肌组织变薄、无力、Waldeyer鞘先天异常等。53%的患者为膀胱逼尿肌功能异常所致反流。
　　2.继发性反流　　导致Waldeyer鞘功能紊乱的因素有UTI、膀胱颈及下尿路梗阻、创伤、妊娠等。小儿UTI并发反流者高达30%～50%。UTI时膀胱输尿管段因炎症、肿胀、变形，而失去正常瓣膜作用。UTI的主要病原菌中伞状大肠杆菌易与尿道上皮细胞结合，而削弱输尿管的蠕动功能，使其产生反流，控制感染后反流可渐消失。尿路畸形合并反流者约占40%～70%。此外膀胱输尿管功能不全，如原发性神经脊髓闭合不全，包括脑脊膜膨出等，约有19%病例发生VUR。