小便痛、腰痛并伴有头痛发热，可能由以下几种原因引起：泌尿系统感染、泌尿系统结石、肾盂肾炎、急性前列腺炎、肾结核。药物治疗需谨慎，身体出现不适时，应首先寻求医生的意见，避免盲目用药。
1.【泌尿系统感染】多由细菌感染引起，炎症刺激导致尿路黏膜充血、水肿，出现小便痛。感染扩散可引起全身症状，如发热、头痛、腰痛。治疗常使用头孢呋辛酯、左氧氟沙星、阿莫西林等抗生素。
2.【泌尿系统结石】结石刺激尿路可引起疼痛，梗阻时易引发感染，导致发热等症状。较小结石可通过多喝水、多运动排出，较大结石可能需要体外冲击波碎石或手术治疗。
3.【肾盂肾炎】细菌感染肾盂和肾实质，炎症反应导致腰痛、发热、尿痛。治疗主要是应用抗生素，如头孢曲松钠、氨苄西林等。
4.【急性前列腺炎】前列腺发炎，出现尿频、尿痛、腰痛和发热。常用药物有环丙沙星、头孢噻肟钠等。
5.【肾结核】结核菌感染肾脏，引起一系列症状。治疗需使用抗结核药物，如异烟肼、利福平、吡嗪酰胺等。
出现上述症状应及时就医，进行相关检查，如尿常规、血常规、B超等，以明确病因，并在医生指导下进行治疗。

你好，小便痛、腰痛，伴随头痛发热，这多是与泌尿系感染或肾结石有关，是需要去医院做尿常规和腹部B超检查一下的，只要弄清楚具体的病因，这样在治疗上才会有针对性，才有利于身体恢复的。