三个月宝宝睡觉摇头，可能由以下因素导致：缺钙、耳部不适、衣物不适、湿疹、神经系统发育不完善等。行用药存在隐患，身体出现不适时，请务必咨询医生，科学治疗。
1.缺钙：宝宝生长发育迅速，钙摄入不足易导致神经兴奋性增加，出现睡觉摇头。可补充葡萄糖酸钙口服液、碳酸钙 D3 颗粒等，同时服用维生素 D 滴剂促进钙吸收，多晒太阳。
2.耳部不适：如中耳炎，耳部炎症或耵聍刺激会引起宝宝不适而摇头。需就医检查，确诊后遵医嘱治疗。
3.衣物不适：宝宝衣物过紧或材质粗糙，摩擦皮肤导致不适，从而摇头。应选择柔软、宽松的衣物。
4.湿疹：皮肤湿疹会引起瘙痒，宝宝可能通过摇头来缓解。要注意皮肤清洁，保持干燥，必要时涂抹炉甘石洗剂等。
5.神经系统发育不完善：宝宝神经系统尚在发育中，可能出现不自主的动作，随着成长会逐渐改善。
总之，三个月宝宝睡觉摇头可能由多种原因引起。家长要仔细观察宝宝的情况，如有异常应及时带宝宝到正规医院就诊，明确原因后进行针对性治疗。

有可能和缺钙有关系，宝宝缺钙的话会导致头皮搔痒，睡觉的时候感觉瘙痒，就会通过摇头的方式来蹭痒，太严重的话就容易哭。你需要注意给孩子适度补钙，建议可以使用鱼肝油和葡萄糖酸钙口服液来补钙的，一般孩子在两周岁之前都是需要注意适度补钙。