生殖器疱疹的临床表现多样，包括水疱、疼痛、瘙痒、溃疡、发热等。 1.水疱：初发时，生殖器部位出现群集性或散在的小水疱，疱液清亮。 2.疼痛：水疱破裂后，会有明显的疼痛，尤其在排尿、行走或性生活时加重。 3.瘙痒：部分患者会感到生殖器部位瘙痒不适。 4.溃疡：水疱破裂后形成溃疡，表面可有渗出物。 5.发热：病情较重时，可能出现发热、乏力等全身症状。 6.淋巴结肿大：腹股沟等部位的淋巴结可能肿大。 总之，生殖器疱疹的临床表现因个体差异有所不同，一旦出现相关症状，应及时就医诊断和治疗。

此病女性多于男性，症状也较男性严重。在发病人中约10%有咽炎，10%男性与26% 女性的原发性生殖器疱疹病人同时伴有生殖器以外的病损，主要在臂蔀与手指，常见生殖器出现疱疹后的第2周，大多是受感染的生殖器部位的病毒自身接种而致。

整个病程可不间断20天左右。 在男性好发于龟头、冠狀溝、尿道口、男性生殖器、阴囊、大腿和臂蔀等处。女性好发于阴唇、阴阜、陰蒂、肛周或女性生殖道。约90%的病人，病毒可同时侵犯子宫颈，出现女性生殖道分泌物增多或下腹痛，并可并发宫颈炎和子宫炎。大多数男女病人双侧腹股沟淋巴肿大。后期炎症波及尿道、膀胱时，可出现排尿困难、杘痌、尿频、严重者可发生尿潴留等现象。此外，还可能有其它症状同时出现，如发热、全身不适、头痛、颈项强直、脑膜炎和骶部神经系统功能不全。