流行性乙型脑炎的组织学改变主要有血管改变和炎症反应、神经细胞变性坏死、软化灶形成、胶质细胞增生等。 1. 血管改变和炎症反应：脑实质血管高度扩张充血，脑组织水肿，血管周围间隙增宽，以淋巴细胞为主的炎细胞浸润。 2. 神经细胞变性坏死：神经细胞肿胀、尼氏小体消失，胞质内出现空泡，核偏位，严重时细胞液化性坏死。 3. 软化灶形成：灶性神经组织液化性坏死，形成质地疏松、染色较淡的镂空筛网状病灶。 4. 胶质细胞增生：小胶质细胞呈弥漫性或局灶性增生，多位于坏死的神经细胞附近或小血管旁。 5. 周围脑组织水肿：病变严重时，脑组织水肿明显，颅内压增高。 总之，流行性乙型脑炎的组织学改变是多种病理变化共同作用的结果，这些改变会导致相应的临床症状和体征。

分期与分型：本病潜伏期4-21天,多为10-14天.病期分为初热期(3-4天),极期(5-7天),恢复期,后遗症期.临床分为4型.1.轻型：体温38-39%左右,神志清楚,无惊厥,脑膜刺激征不明显,轻度头痛,呕吐,嗜睡,病程5-7天.2.普通型：体温39-40℃左右,明显烦躁,嗜睡或浅昏迷,偶有惊厥或局部抽搐,脑膜刺激征明显,病理反射阳性,病程10天左右.3.重型：持续高热40℃以上,反复或持续惊厥,肢体强直,昏迷,有明显的颅内高压症状及脑膜刺激征,病程2周以上.少数患儿留有后遗症.4.极重型(暴发型)：体温迅速上升达40℃以上,惊厥不止,迅速出现昏迷,有呼吸衰竭表现,多于3-5天内死亡,幸存者可有严重后遗症.

脑脊液呈无色透明，压力仅轻度增高，白细胞计数增加，糖正常或偏高，蛋白质常轻度增高