卵巢囊肿的种类可分为下列几种

1、功能性囊肿：常见的卵巢囊肿之一，也称为生理性囊肿，这类囊肿在生殖年龄的女性当中相当普遍。异常量的液体聚集在滤泡内或黄体内，形成滤泡囊肿或黄体囊肿。这种功能性囊肿有时会很大，但不管用药与否，通常会在三个月内自行消失。

2、出血性囊肿：年轻女性常见的妇科疾病之一，大部分的情况下出血性卵巢囊肿会复原，因此可以先行观察，不一定需要药物或手术治疗，但有时候出血性卵巢囊肿会合并腹腔内出血，甚至大量出血造成休克，此时就必须紧急手术治疗。

3、畸胎瘤：起源于潜在多功能的原始胚细胞，多为良性，但恶性倾向随年龄增长而呈上升趋势。发生部位与胚生学体腔的中线前轴或中线旁区相关，多见于骶尾部，纵隔、腹膜后、性腺部位。它会在卵巢内生成毛发、牙齿还有一些油脂类的聚集。由于畸胎瘤本身不会自行消失，而且还有可能不断的成长， 另有15% 机率会造成卵巢扭转，所以最好及早切除。一般来说恶性的比率小于千分之一。

4、子宫内膜样瘤： 肿瘤表面光滑，常为单房，其内壁由一层极似子宫内膜型的高柱状上皮所构成，周围的结缔组织缺乏子宫内膜间质，在囊瘤的内外也无出血现象。

5、卵巢癌：罹患卵巢癌的机率相当低，但因为位于骨盆腔内，并不容易早期发现。

6、巧克力囊肿（子宫内膜异位瘤）：是指子宫内膜异位症长在卵巢内，在卵巢内形成大量黏稠咖啡色像巧克力状的液体。因为子宫内膜异位瘤会随着时间增加而变大，渐渐侵蚀正常的组织，造成卵巢组织不可逆的损害。经过评估其严重性后，可能需要开刀处理。

7、浆液性上皮囊肿及黏液性上皮囊肿：在观察三个月后，仍然存在的囊肿有可能是属于上皮卵巢囊肿，而非功能性囊肿。这是因为具有分泌功能的浆液细胞及黏液细胞在排卵后被包埋在卵巢内，不断的分泌液体形成囊肿。这种囊肿是不会消失的，需要开刀切除。