蛛网膜下腔出血2次，脑疝，去骨瓣减压术后发热的原因：1，脑脊液中的血刺激，引起发热2，呼吸系统感染。尽管听诊没问题，但是肺感染估计是有的。术后2周症状加重，考虑梗塞的可能性大用物理降温，患者可适当给冬眠

根据你提供的病历资料看，患者病情较为严重的，二次脑出血造成脑疝并脑室里积血，长期昏迷是肯定的，发热是这类疾病的常见并发症，原因有很多。患者发热的原因有以下几种可能：1、术后第二天即发热可能是颅内积血，手术应激造成的发热，暂不能考虑感染。2、后来继续发热要考虑是否是肺部感染和颅内感染的可能，根据你的资料看，脑脊液检查白细胞较多很可能合并了颅内的感染。肺部听诊无异常并不能说明没有感染的，可能是真菌感染造成的，应该拍X片或胸部CT并做痰培养。3、没有看到你提供的血常规单子和尿常规的单子，是否合并泌尿系的感染目前不知道。4、术后三周即出现菌群失调是如何判断的，如果确实出现了菌群失调的话，说明之前的抗生素是用的过量了，其低热可能是真菌感染或其他微生物感染。5、肠道是否菌群失调还没有一个判断，建议检查大便常规，适当给与正常菌群双岐杆菌和络氨酸杆菌。6、中枢性的高热，脑出血术后可能损失了下丘脑的体温调节中枢造成体温调节的紊乱，可以排除其他感染的情况下考虑中枢性的高热，治疗主要是物理降温。7、停用一切抗微生物的药物三天，观察热型再作出进一步的判断。8、手术后的复查CT情况如何希望能够提供。建议请资深中医会诊，给出个中医的治疗方案，扶正祛邪，清热利湿可能有效的。