小儿房间隔缺损内在因素主要与遗传有关，特别是染色体易位和畸变，例如21-三体综合征、13-三体综合征、14-三体综合征、15-三体综合征和18-三体综合征等，常合并先天性心血管畸形;此外，先天性心脏病患者子女的心血管畸形的发生率比预计发病率明显的多。外部因素中较重要的有宫内感染，尤其是病毒感染，如风疹、腮腺炎、流行性感冒及柯萨奇病毒等;其他如妊娠期接触大剂量射线、使用某些药物、患代谢性疾病或慢性病、缺氧、母亲高龄(接近更年期)等，均有造成先天性心脏病的危险。原始心房分隔约起始于胎龄第4周。
第一房间隔上吸收形成第二孔时，在第一房间隔右侧出现第二房间隔。
第二房间隔的凹缘呈卵圆形，上、下肢朝向静脉窦延伸，表面稍隆起。
第二房间隔上、下肢同成的部分形成卵圆窝，
第二房间隔没有完全遮盖第二孔的部分为卵圆孔。
卵圆窝底为第一房间隔组织，起活瓣作用。胎儿时期血液由此间隙(卵圆孔)经第一房间隔上的第二孔流入左心房。出生后，左心房压力增高，卵圆孔关闭。静脉窦右角残留部分从上腔静脉口延伸至下腔静脉口。静脉窦左角残留部分参与分隔冠状静脉窦与左心房之间壁的形成。如果第二房间隔发育障碍或第一房间隔吸收过度，以致第二孔扩大或未能完全遮盖，均可导致卵圆窝部位的缺损。肺静脉异常地附着于上腔静脉或下腔静脉，腔静脉与肺静脉之间的壁被吸收导致心房间的交通为静脉窦型房间隔缺损。冠状静脉窦与左心房的分隔发育障碍形成冠状静脉窦型房间隔缺损。