房室间隔缺损的病因是：根据病理解剖的不同房室间隔缺损的病因分为单纯型、部分型、过渡型、完全型四大类。
1.单纯型房室间隔缺损 亦称单纯型原发孔缺损，位于冠状静脉窦的前下方。
2.部分型房室间隔缺损 为原发孔房间隔缺损合并二尖瓣前叶或三尖瓣隔叶分裂，瓣下无室间隔缺损。
3.完全型房室间隔缺损 为原发孔房间隔缺损与室间隔缺损融合为一个缺损，房室瓣叶完全断裂，形成“前共瓣”和“后共瓣”。房室间隔缺损的原因根据前共瓣发育程度及其腱索附着位置分为三型：A型较常见，前共瓣仍可辨认左右叶，有腱索附连于室间隔的嵴部。B型较少见前共瓣仍可分辨左右叶，但不与室间隔附连，而与右室的乳头肌相连。C型前共瓣无分裂，没有腱索与室间隔相连，形成悬浮瓣膜。后共瓣一般发育较小。
4.过渡型也称中间型房室间隔缺损，介于部分型和完全型之间，但未形成前后共瓣，瓣下仅有极小的室间隔缺损。
病理生理：房室间隔缺损是一组心内畸形，其病理生理变化完全取决于房或室间隔缺损大小和二尖瓣关闭不全的严重程度。部分型房室间隔缺损仅于心房水平左向右分流，如无或轻度二尖瓣关闭不全时，仅有右心室容量负荷增加，其心搏量增加。房室间隔缺损的起因如有严重二尖瓣关闭不全时，其反流从左心室直接入左心房，从而使左右心室容量负荷均增加，早期产生心脏扩大和心衰竭。完全型房室间隔缺损有巨大室问隔缺损和严重房室瓣关闭不全，产生大量左向右分流量，使肺血明显增多，早期肺血管发生痉挛，产生动性肺动脉高压，晚期肺血管内膜逐渐增厚，产生梗阻性肺动脉高压。肺动脉高压进一步加重右心负担。当肺阻越来越高，左向右分流逐渐减少，最终产生右向左分流，结果导致艾森曼格综合征。