本品对化学物亚硝酸盐、硝酸盐、苯胺、硝基苯、三硝基甲苯、苯醌、苯肼等和含有或产生芳香胺的药物(乙酰苯胺、对乙酰氨基酚、非那西丁、苯佐卡因等)引起的高铁血红蛋白血症有效。对先天性还原。

亚甲蓝是氧化剂，也是解毒药物。用于治疗高铁血红蛋白血症等。对急性氰化物中毒、能暂时延迟其毒性。

目的是相同的，都是要细胞颜色变深，便于观察。人体的一些细胞可用亚甲基蓝溶液/生理盐水而植物的细胞可用红墨水、碘液。口腔和食管等腔面的复层扁上皮，浅层细胞是有核的活细胞，含角蛋白少，称未角化的复层扁平上皮。如果诚如以上所言，口腔上皮细胞就是活细胞，应该用甲基蓝溶液，因为它是活体染色剂。

亚甲基蓝是一种活体染色剂,是碱性染料，呈蓝色粉末状，能溶于水（溶解度9.5%）和酒精（溶解度6%）。而染色体容易被碱性染料染色。