甲状腺囊肿有可能会导致甲状腺功能异常或恶性变，所以一般的治疗原则是手术，药物治疗效果欠佳。如果目前无法手术，可以暂观察，如继续增大或有甲状腺功能改变仍建议手术，血小板低可以在手术前输注血小板。

中医治疗根据中医辨证进行辨证施治。主要分为气滞型、血瘀型和痰凝型三型〔2〕。（1）气滞型:表现发病与精神因素有关，病位在肝经。除颈部肿物外伴有胸胁胀痛，舌苔薄白，脉弦滑，用理气解郁法，宜用逍遥散主之。也可以用川楝子、香附、青皮、陈皮、木香、八月札、砂仁、枳壳、血余炭、地榆等进行加减。（2）血瘀型:颈部肿物出现较突然，多伴有不适或疼痛，肿物质地硬，舌质紫黯，瘀点瘀斑，脉濡涩，用活血祛瘀法，宜用桃红四物汤主之。也可以用丹参、三棱、莪术、泽兰、王不留行、乳香、没药、自然铜、地鳖虫、石见穿、血竭、血余炭、地榆等进行加减。（3）痰凝型:患处不红不热，按之坚实或有囊性感，舌苔薄腻，脉滑，用化痰软坚法，宜用海藻玉壶汤主之。也可以用夏枯草、海蛤壳、海浮石、生牡蛎、黄药子、山慈姑、白芥子、血余炭、地榆等加减治疗