菏泽治疗灰指甲较好的医院有菏泽皮肤病医院、单县中心医院、菏泽市立医院、菏泽市中医院和菏泽市第三人民医院等。

1. 菏泽皮肤病医院：其灰指甲科室是重点打造的科室，按三级医院设置，是菏泽市大型皮肤病专科医院。医院秉承“大医精诚 德行天下”的理念，拥有完善的医疗管理体系和标准化的医疗服务。同时，医院汇集了一批国内经验丰富的皮肤科专家。

2. 单县中心医院：地处鲁、苏、豫、皖四省八县结合部，是一所三级甲等综合性公立医院。该院创建于1944年，疾病医疗设施齐全，在疾病治疗方面有着丰富的经验。近年来，医院还先后成为“济宁医学院附属湖西医院”等。

3. 菏泽市立医院：始建于1946年，是有着光荣革命传统的医院。历经多年发展，已成为集医疗、教学、科研等多种功能于一体的综合性三级甲等医院，担负着菏泽市七县二区一千万人民及邻近省、市部分群众的医疗保健任务。医院口碑很好，拥有完善的诊疗设施和医疗人员储备。

4. 菏泽市中医院：是公立三甲医院，在中医治疗方面有一定特色，对于灰指甲的治疗可能会结合中医方法，为患者提供多样化的治疗方案。

5. 菏泽市第三人民医院：也是公立医保医院，有专业的内科、神经内科等科室，能为灰指甲患者提供综合的医疗服务和诊断。

在菏泽，上述几家医院在灰指甲治疗方面都有各自的优势和特色。患者可以根据自己的实际情况，如地理位置、病情需求等，选择合适的医院进行治疗。同时，在治疗过程中要积极配合医生，注意日常护理，以促进病情的康复。